В первые годы после Октябрьской революции, в период гражданской войны и после нее, многие религиозные организации, общины, группы держали себя нелояльно, а нередко и явно враждебно по отношению к Советской власти.

Многие религиозные объединения и служители церкви, особенно высшие, приняли активное участие в заговорах внутренней контрреволюции и мирового империализма против молодой Советской республики. Они широко использовали религиозные организации для возбуждения отсталых людей против Советской власти, вызывали антисоветские эксцессы. Многие руководители религиозных объединений были тогда изобличены в антисоветских, контрреволюционных действиях. Поэтому возникали судебные процессы и принимались также административные меры против таких заговорщиков. 
Враги Советской власти в этих случаях поднимали вопли о «религиозных гонениях». На самом деле никаких религиозных гонений в советской стране не было и быть не могло. Привлекались к ответственности те или иные представители церкви не за религиозную, а за антинародную политическую деятельность, которая лишь прикрывалась религией. Духовенство, как таковое, в СССР никогда не преследовалось. Только те из церковников привлекались к судебной и административной ответственности, кто под видом церковной, религиозной деятельности занимался контрреволюцией, скрывая рясой белогвардейскую сущность. 
Декрет об отделении церкви от государства и школы от церкви вызвал недовольство всех, еще существовавших в то время, черносотенных, буржуазных элементов,— остатков старого общества, проявивших себя защитниками свергнутого революцией строя, а также религиозной тьмы и мракобесия, и стремившихся использовать церковные организации для своей реакционной политической деятельности. Многие руководители религиозных общин христианских и иных вероисповеданий повели антисоветскую пропаганду в отсталых слоях народа, призывая к выступлению против мероприятий Советской власти и разным другим эксцессам. 
Происходивший в 1917—1918 гг. в Москве собор православной церкви вынес постановление против декрета об отделении церкви от государства. 28 февраля 1918 г. было издано особое, исходившее от «святейшего патриарха и священного Синода» постановление, в силу которого духовенство православной церкви призывалось противодействовать введению в жизнь этого декрета Советского правительства. Священникам и причту предлагалось избегать каких-либо объяснений с представителями Советской власти, не отдавать им метрических книг, призывать паству к активному и пассивному сопротивлению. Нашлись и такие священники, которые призывали свою паству к вооруженному восстанию против Советской власти. 
Против декрета об отделении церкви от государства выступили также и руководители других церквей и религиозных организаций. Зачастую все они действовали согласованно и совместно. Так, в Ленинграде представители православной, католической, иудейской и некоторых других церквей совместно обсуждали вопрос о противодействии декрету. Папа римский дал указания католическому духовенству в России противодействовать проведению декрета об отделении церкви от государства. 
Трудящиеся же повсюду приветствовали декрет об отделении церкви от государства и школы от церкви, необходимость которого давно назрела; поэтому контрреволюционные затеи церковников не могли иметь успеха.